El arquero debutó en Independiente a finales del 2005, luego de que Julio César Falcioni decidiera sacar a Bernardo Leyenda y darle la titularidad a Ustari. A partir de ese momento se adueñó del arco del Rojo y por su alto rendimiento se ganó un lugar entre los 23 jugadores que José Pekerman convocó a la Selección Argentina para disputar el Mundial de Alemania 2006. A mediados del 2007 fue vendido al Getafe en 8.000.000 de dólares. En total jugó 64 partidos, recibió 77 goles y convirtió 1, de penal.