El Kun debutó en Independiente a mediados del 2003, con Oscar Ruggeri en el banco. Se convirtió en el jugador más joven en debutar en la Primera División, superando a Diego Maradona. Por su carisma y su fútbol dejó una marca grabada a fuego en los hinchas del Rojo y fue el embajador el club en el mundo en los últimos años. Su mayor explosión se dio durante el ciclo de Julio Falcioni. A mediados del 2006 partió a Atlético de Madrid por 28.000.000 de dólares más variables, convirtiéndose no solo en la venta más grande de la historia de Independiente, si no también del fútbol argentino.