Eduardo Domínguez, nuevo entrenador de Independiente, tuvo un breve paso por el conjunto de Avellaneda como jugador durante la temporada 2005/2006.
El lateral izquierdo llegó proveniente de Vélez y fue dirigido por Julio César Falcioni, entrenador al cual reemplazará en el banco del Rojo. Además, compartió plantel con Sergio Agüero, Lucas Biglia, Oscar Ustari, entre otros.
Durante un año vistiendo la camiseta del Rey de Copas, Domínguez disputó un total de 23 partidos, todos ellos como titular. Anotó dos goles (vs. Olimpo y Tiro Federal) y jugó 1980 minutos.
Edu disputó dos torneos: en el Apertura 2005 finalizó en la 4ª posición, mientras que en el Clausura 2006 terminó en el 12° puesto. Al finalizar su ciclo como jugador del Rojo, siguió su carrera en Independiente Medellín de Colombia.
