Marco Pérez llegó como el refuerzo más importante del semestre. Mohamed pedía a gritos delanteros y la Sombra vino para satisfacer su pedido. No realizó la pretemporada junto al resto de sus compañeros por un problema de papeles, se quedó realizando una pretemporada en Villa Domínico junto a otros compañeros que no fueron tenidos en cuenta por el Turco y muchos juveniles. Viajó con la Piponeta a jugar un amistoso con el Ajax y luego se sumó a la delegación en Japón para jugar la Suruga Bank.
Tuvo 12 presentaciones durante el Apertura 2011 con la camiseta de Independiente y convirtió 2 goles. En 7 fue titular, en 5 ingresó desde el banco de los suplentes. En 3 de las 7 presentaciones en las cuales fue titular lo reemplazaron. Mejor promedio de gol durante el Apertura que Facundo Parra con 2 goles en 17 presentaciones -16 como titular, 1 como suplentes y 2 veces reemplazado en el segundo tiempo-. Por torneos internacionales tuvo 4 presentaciones y un gol con un promedio de 0,25.
Firmó un contrato a préstamo hasta junio de 2012, Cristian Bragarnik fue el representante quien lo trajo. El empresario también representaba a Antonio Mohamed en Independiente, quien dejó el club en la fecha 5: Pérez fue titular en 4 de esas 5 fechas.
Marco Jhonnier Pérez totaliza en el fútbol profesional -43 partidos si contamos su paso por Gimnasia La Plata- 43 partidos y 13 goles. Su promedio es de 0,33. Ramón Díaz ya dijo que no lo va a tener en cuenta y los dirigentes deberán negociar su salida.
