Luego de la rotura de ligamentos que sufrió en la B Nacional, Julián Velázquez recibió el alta médica y hoy no se presentó a entrenar en Villa Domínico. De esta forma, como quiso desde un principio, quedó en libertad de acción y no renovó el contrato.

Los problemas entre el club y el defensor comenzaron luego de la transferencia caída a Genoa a mediados del 2012, a causa de que el club italiano nunca pagó el monto acordado. Si bien hacía tiempo que estaba en bajo nivel, al volver, mostró una peor performance en la cancha. Al igual que varios futbolistas, fue partícipe del descenso de Independiente a la B Nacional.

Durante la primera rueda de la segunda categoría, la dirigencia de Javier Cantero le ofreció renovar su contrato por un sueldo de los más altos del fútbol argentino. Sin embargo, el central no aceptó. Ya en la segunda rueda, el lunes 24 de marzo, se rompió los ligamentos cruzados en la derrota por 2-0 frente a Sarmiento en Junín. Tras especular junto a su representante Ricardo Giusti durante meses -con pelea incluída con la dirigencia-, no hubo acuerdo en el dinero y la Comisión Directiva le bajó el pulgar.

Velázquez debutó en Independiente el viernes 6 de noviembre del 2009 en la victoria por 1-0 ante Gimnasia en Avellaneda. Américo Gallego lo puso en cancha y ese día jugó como lateral izquierdo. En total disputó 127 partidos -123 de titular- y marcó 3 goles. Fue campeón de la Copa Sudamericana 2010 (marcó dos tantos, uno en la final) y también fue parte del descenso. De hecho, fue el futbolista con más partidos jugados -79- de los 114 que enviaron a Independiente a la B Nacional. Así, se terminó su ciclo en el club.