Gabriel Arce es otro de los juveniles que dejó Independiente a comienzos del 2016. Se fue a préstamo a Gimnasia de Jujuy y tras recuperarse de una lesión a comienzos del segundo semestre, finalizó el año sumando minutos desde el banco.

Tras estar unos días a prueba selló su vínculo con el Lobo a mediados de enero del 2016, para ser compañero de Sergio Ojeda, otro Rojo a préstamo en Jujuy. En la temporada 2016 sumó 9 partidos (3 de titular) y convirtió un gol, a Estudiantes de San Luis en la jornada 9. A pocos días del inicio de la temporada 2016/2017, el delantero sufrió la rotura de menisco externo de la pierna izquierda, lo que hizo que se pierda algunas fechas del torneo.

Luego de la recuperación le costó ganarse la titularidad en el equipo. Volvió a mediados de septiembre del 2016 e ingresó unos minutos en la fecha 5 en el empate 0-0 ante Brown de Adrogué. A partir de ahí, en total jugó 8 partidos, todos ingresando desde el banco. Tiene contrato con el equipo jujeño hasta junio de este año.