Algo poco recordado es que Sergio Agüero llegó a disputar una competencia internacional para Independiente. Fue en la Copa Libertadores 2004, donde disputó dos encuentros.

Luego de su debut en Primera División, el Kun no fue más tenido en cuenta por Oscar Ruggeri ni tampoco por su reemplazante, Osvaldo Sosa. Recién al año siguiente volvería a jugar de la mano de José Omar Pastoriza en el banco de suplentes.

Siete meses pasaron desde su estreno hasta su vuelta, que justamente fue por el certamen continental ante Cienciano de Perú, donde también se convirtió en el jugador más joven en disputar la Libertadores. Entró faltando 20 minutos para el final en lugar de Sebastián García, en lo que fue triunfo por 4-2 con goles de Christian Giménez, Leonel Ríos y Hernán Losada en dos oportunidades. Fue en la Doble Visera por la primera fecha de la fase de grupos.

Un mes después volvería a jugar ante El Nacional ecuatoriano, por la tercera jornada en Avellaneda, con victoria 2-0 gracias a un doblete de Daniel Quinteros. Agüero ingresó a falta de 15 minutos para que termine el partido.

Esos fueron los únicos compromisos internacionales del delantero con Independiente. En esa copa, el Rojo terminó segundo de su grupo por detrás de Nacional de Uruguay y debió jugar el repechaje para los octavos de final, donde perdió contra São Caetano de Brasil y fue eliminado.